病原微生物研究

研究方法：

1、临床感染菌株的收集；

2、全基因组测序；

3、基因组注释；

4、比较基因组分析。

预期结果：

1.阐明目标致病菌在特定时空里的传播与进化特征；

2.预测目标致病菌的风险水平和危害形成机制。

参考案例：Pang R, et al. The genomic context for the evolution and transmission of community-associated Staphylococcus aureus ST59 through the food chain. Frontiers in Microbiology, 2020, 11:422. （中科院2区，IF=5.64)

ST59型是一种亚洲地区的重要流行性病原体CA-MRSA, 该研究旨在以食物链中获得的CC59分离株和数据库中的ST59菌株为研究对象。对ST59分离株进行全基因组测序，对数据进行系统基因组分析系统发育，发现 ST59有3个不同的分支，分支与来源或地理位暨之间没有显著的相关性，但是分支都有显著的变异性（上图）。对ST59在中国各地进行传播研究，分析发现基因组突变速率为2.8个SNP/年，假设相同来源的菌株通过食物链传播，分析了成对SNP的距离，该距离值符合预期（下图）。